蛋白質是需要經過肝臟加工才能轉化成人體自身物質，且蛋白質在體內代謝時會產生尿素、氨、肌苷等含氮物質，要經過腎臟來排泄。如果健身期間大量的食用蛋白粉，會增加肝、腎的負擔，從而導致腎臟功能的下降。
健身期間，過多的食用蛋白粉，容易因過高的蛋白質攝入而增加尿中的鈣質的流失，從而對骨骼健康有所損傷，嚴重的甚至導致骨質疏松。
人體內多余的蛋白質在經過消化吸收之后，肝臟會使其轉化為肌糖原或肝糖原儲存，而如果健身過程中，大量的食用蛋白粉，會使得體內儲存的肝糖原或肌糖原已經足夠，多余的就會轉變成脂肪貯存起來，從而引發肥胖。
長期在健身后大量的食用蛋白粉，會導致蛋白質過量攝入，尿鈣排出量增加，也會增加腎結石的風險。
