由于人工改良的神仙魚品種相當多，因此有時可能也會引發種類分辨上的困難，但是您卻有更多的選擇去飼養自己喜歡的樣式或品系。通常人工改良的神仙魚種的分類，可依尾鰭、條紋、色彩或鱗片之變化。從花色上分。目前在國內比較常見的有：白神仙魚、鉆石神仙、黑神仙（墨燕兒）、金絲墨燕兒、灰神仙、黑白神仙、熊貓神仙、斑馬神仙、云石神仙、半黑神仙、鴛鴦神仙、三色神仙、紅頭神仙、金頭神仙、紅眼神仙、玻璃神仙、埃及神仙等等。

在此基礎上，上述每個種類又都同時具備下列特征，從而又演變出了更多的品類：

1、按形狀分，上述每個品類又能分為短尾、中長尾、長尾三大品系；諸如長鰭XX神仙或短鰭XX燕兒等，例如：長（短）鰭斑馬燕兒，長（短）鰭墨燕兒等。

2、按體型大小，上述每個品類還可以分為“神仙魚”和“大神仙魚”，成魚身體長度在15公分以下的稱為神仙魚，15公分以上的稱為“大神仙魚”，例如：大熊貓神仙、大云石燕兒等。

3、按是否透明分，上述每個品類又能分為玻璃XX燕兒，例如：玻璃紅眼神仙，玻璃金頭燕兒等。

4、按眼睛分，上述每個品類又能分為紅眼XX神仙或紅眼XX燕兒，例如：紅眼鉆石燕兒，紅眼云石燕兒等。

5、按頭部是否紅色或金色分，上述每個品類又能分為：紅頭XX燕兒（神仙）或金頭XX神仙（燕兒）例如：紅頭熊貓燕兒（三色神仙），紅頭玻璃燕兒等。

6、按頭部、眼睛是否都是紅色分，上述每個品類還可以分為紅頭、紅眼XX燕或紅頭、紅眼XX神仙，例如：紅頭、紅眼鉆石燕兒，紅頭、紅眼熊貓神仙等。